Έγινε επαγγελματίας το 1997 αγωνιζόμενος με την Παρτιζάν Βελιγραδίου. Ντεμπούτο με την τότε Εθνική Γιουγκοσλαβίας έκανε ένα χρόνο αργότερα, 4/10/1998 με αντίπαλο την Τουρκία. Στους Ολυμπιακούς αγώνες του 2000, ο Miljkovic με την Εθνική κατακτά το χρυσό μετάλλιο στον τελικό απέναντι στην Ρωσία. Ο Ivan μάλιστα ήταν αυτός που κέρδισε τον τελευταίο πόντο!

Μετά τις επιτυχίες του σε εθνικό επίπεδο, πήρε μεταγραφή για την Ιταλική Macerata. To 2001 ήταν μια πολύ πετυχημένη για τον Miljkovic, αφού με την Εθνική Γιουγκοσλαβίας κέρδισε το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα στην Ostrava, απέναντι στην Τσεχία και με την Macerata το Champions League συλλόγων.

Με την Macerata πήρε ακόμα 2 κύπελλα Ιταλίας (2001, 2003) και 3 φορές το CEV Cup (2001, 2005, 2006). Το 2007 μεταγράφηκε στην ROMA η οποία τον άφησε ελεύθερο, όπως και όλους τους παίκτες της, αφού υποβιβάστηκε λόγω χρεών. Από εδώ και πέρα θα προσφέρει τις υπηρεσίες του στον Ολυμπιακό πιθανότατα φορώντας το αγαπημένο του 14, το οποίο φόραγε στην Εθνική, στην Macerata αλλά και στην Roma!